Bertempat di samping ruang BP merupakan tempat yang disediakan oleh sekolah jika ada siswa yang sakit saat kegiatan belajar berlangsung untuk beristirahat di UKS ini. Terdapat 1 set tempat tidur, obat- obatan, dragbar, meja dan kursi, serta alat- alat praktek ekstrakurikuler PMR. Dan berukuran 5 x 4 meter. UKS ini adalah salah satu bentuk kepedulian sekolah terhadap warga SMP Negeri 3 Kebumen. Saat ada kegiatan upacara UKS ini juga digunakan untuk menampung peserta upacara yang sakit. Bukan bermaksud untuk memanjakan siswa, tapi ini adalah perhatian yang lebih dari sekolah. Pihak sekolah berharap bagi seluruh warga SMP Negeri 3 Kebumen untuk dapat memanfatkan fasilitas yang diberikan sekolah.